符合条件，专业合作社的发票就是可以抵扣进项税的。
《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）经国务院批准，现将农民专业合作社有关税收政策通知如下：
一、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
二、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
三、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
四、对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
综上所述，如果符合上述所说条件，专业合作社的发票就是可以抵扣进项税的。
农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。
按现行增值税暂行条例的规定，购进农产品取得的增值税普通发 票，是可以按发 票金额乘以13%的税率计算抵扣进项税额的，具体请咨询你的主管国税局，你企业是否不在核定扣除范围内即可。
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