1.该种作物野生类型或野生祖先种分布情况，以及与栽培种的关系，由于栽培作物都是由野生植物驯化而来，因此野生种的分布情况通常是阐明作物起源进化的直接和有力证据。
2.该作物古代栽培和利用情况，可通过考古寻找古代种子或相关遗物，利用C14同位素测定它们存在的年代；还可通过古代文献（包括古农书、史集、文学、诗歌等典籍）考证该作物出现年代和栽培利用情况。
3.植物学形态解剖特征和特征化学成分等。
4.细胞遗传学和分子遗传学证据，近十年来植物基因组学研究进展十分迅速，基因组研究结果可为探讨作物起源进化提供极为准确的证据。
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