食药局是有权调取企业账簿的，比如如果是食品类企业，食药局可以依据《食品安全法》检查账簿；如果是药械公司，可以依据《医疗器械监督管理条例》等等。
不过当然有限制，首先日常检查企业账簿，食药局只有在职权范围内，并且相关法律法规要求企业必须建立的账簿，如果相关授权食药局的法律法规没有规定公司要建立的账簿，食药局是无权调取的，像公司财务台帐这类的涉及到公司机密，食药局日常检查无权调取，但如果有明显违法行为的，食药局依据法律程序也可以调取。
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