A、孟德尔在研究豌豆杂交实验时，运用了假说-演绎法，A正确；B、萨顿根据基因和染色体的行为存在平行关系，采用类比推理法提出基因位于染色体上的假说，B正确；C、赫尔希和蔡斯利用噬菌体研究遗传物质时，运用了放射性同位素标记法，C错误；D、沃森和克里克运用了建构物理模型的方法研究DNA分子结构，D正确．故选：C．
