中国有色金属工业总公司自成立时起，便管理着我国有色金属行业各重点企事业单位，各大科研院所和大专院校。为我国的有色金属事业作出了巨大的贡献。随着时代的进步和社会的发展，1998年国务院决定对机构进行改革，撤消了包括冶金工业部和中国有色金属工业总公司在内的9部委，从而结束它15年的历程。随着中国有色金属工业总公司的撤消，国家成立了中国铜铅锌集团公司、中国铝业集团公司、中国稀有稀土集团公司三大集团公司和国家有色金属工业局。
2000年7月国务院决定撤消三大集团公司，原中央管理的企业全部下放到地方管理。2001年2月19日再次撤消国家有色金属工业局等9个国家局,成立有色金属工业协会。昔日庞大的中国有色金属工业总公司被肢解并最终消失在国家改革的潮流之中。
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