北京出入境检验检疫局依照《中华人民共和国进出口商品检验法》及其《实施条例》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其《实施条例》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其《实施细则》、《中华人民共和国食品卫生法》、《中华人民共和国认证认可条例》、《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》、《北京市食品安全条例》，负责北京地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理工作。
自成立以来，北京出入境检验检疫局本着“依法把关、监管有效、方便进出、管理科学”的原则，逐步形成了以出入境检验检疫行政执法为主体，以技术保障和技术服务为支持的检验检疫工作体系。
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