病原菌是存在于土壤中的一种细菌——根癌土壤杆菌[Agrobacterium tumefaciens（Smith et Towns）Conn]。菌体有1～3根鞭毛，单极生，革兰氏染色阴性。病菌发育温度10～34℃，适温23℃。pH5.7～9.2，最适7.3。根据其寄主和寄生性以及生理特性的差异可分为3种生物型，导致苹果、桃、花卉等植物发病的属于根癌土壤杆菌Ⅱ型，导致葡萄感病的属于根癌土壤杆菌Ⅲ型。
