转基因植物可能带有潜在风险，对转基因植物进行风险评估涉及许多方面的内容，如物种的引入、基因侵入、基因漂移、生态因素等许多方而。从总体上看，转基因植物的风险包括：①对人和动物健康的风险，即食品毒性、食品过敏性、病原微生物抗性。②对生态环境和农业的风险，即转基因及其产物在环境中的残留、目标生物对药物产生耐受性、增加农用化学品的使用、不可预知的转基因及其表达的不稳定性、产生超级杂草、作物营养价值下降、生物多样性下降。③对非目标生物的风险，如花粉或种子扩散造成遗传污染、转基因或启动子的水平传递、转基因向微生物传递、通过重组产生新的病毒等。
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