虽然蛇鹫的种群分布面积超过1500万平方公里，但是蛇鹫的种群数量正由于生境退化、人类干扰、狩猎和非法的捕捉贸易而快速下降，其种群数量不超过10000，而且被认为在2010年前30年已经从西非完全消失。
人类族群的扩张，农业栽培面积的扩大，城市化的日益扩张对蛇鹫构成威胁。部分地区的严重干旱，窝巢的破坏，含毒的水塘也是威胁因素。在1982年前后的南非，有个别蛇鹫发现中毒或受伤。森林砍伐以及过度燃烧的草原减少了种群的猎物，而密集放牧的牲畜也减少了其栖息地。非法捕捉贸易的数量虽然少，但尚不知其有多少死于囚禁和交通运输。
截至2012年，已经有多个非洲国家建立了国家公园及蛇鹫的保护区，并提出了保育行动，提出了一个协调整个大陆的监测方案，以获得该物种最新的种群数量并跟踪其趋势。以及提高人们对野生动物的保护意识，监控和处理非法捕获和贸易的事件。
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