云南省文山州马关县县城距省会昆明442公里,距州府所在地文山72公里,距中越边境线约20公里;距昆河铁路和等级公路102公里,距“衡昆”高速公路106公里,距麻栗坡县天保口岸130公里。国境线长138公里,与越南的老街、河江两省的箐门、新马街、黄树皮、猛康四县接壤,目前已有公路与越南实现对接。地形地势西北高,东南低。境内最高海拔2579米,最低海拔123米。
马关县境内气候类型跨北热带、南亚热带、中亚热带和北亚热带。低坝河谷炎热,中山浅丘温暖,高山温凉,有冬无严寒、夏无酷热、干雨季分明等气候特点。年平均气温16.9℃,年平均降雨量1345毫米,年日照时数为1804小时,无霜期达300天以上。