隔离层育苗是在整平的苗床上先铺一层隔离物，如编织袋、草纸、旧农膜、有孔地膜、无纺布或稻壳炭、腐熟的稻乱等。在隔离物上再铺不低于2厘米厚的营养土，然后播种育苗。软盘育苗和钵盘育苗亦当属此种。
因隔离层在营养土和种苗的下面，具有渗水透气，增温隔凉及隔盐碱的作用，可为秧苗生长创造良好的环境条件。尤其在低洼地、滨海盐渍土和内陆碱地上应用效果更为明显。此种育苗方法可提高保苗率，减少黑根苗，有利于培育壮秧。起运方便，基本上不伤根，移栽后返青快，发苗早，长势旺，容易高产。
隔离层育苗的管理与软盘育苗相同。应格外注意的是对水分要求比较严格，播前一定要浇透底水，苗期要经常检查，缺水则及时补水，否则出苗不齐，揭膜后要注意防治青枯病。
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