损害公司利益，店长并没有及时制止，而是发工资是才提出然后扣工资赔偿

　　劳动者损坏公司的利益，店长没有阻止不能免除劳动者的责任，按照用人单位的制度，店长不作为也会按照公司的制度进行处罚。
　　因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
　　《劳动合同法》
　　第三条　订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
　　依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
　　第四条　用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
　　用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
　　在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
　　用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
　　《工资支付暂行条例》
　　第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
　　第十七条 用人单位应根据本规定，通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度，并告知本单位全体劳动者，同时抄报当地劳动行政部门备案。
　　第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
　　第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

损害工司利益本来就是不对的。