金税三期个人所得税扣缴过申报期，处理如下：1）如果你是在网上申报的话，你可以像平时一样提交申报明细，系统会提示你已过了申报期多少天，会产生行政性罚款及滞纳金，是否继续申报。你点继续申报，跟着银行扣款即可。2）如果你是上门申报的话，要填好个税代扣代缴申报明细表及带上一个电子版到地税局前台取综合申报号进行申报。带上现在扣款。这个也是要交行政性罚款及滞纳金的。罚款不多就50元以下，滞纳金是按天数收的。
