甲藻原被列入动物界原生动物门，发现球胞型和丝状藻体之后，才将其列入植物界。甲藻在色素方面与硅藻相似，但同化产物和形态等构造则明显不同，由于甲藻的构造与其他藻类区别较大，因此，它们是一群自然的植物类群。
甲藻除少数裸露无壁的种类外，都有厚的主要是纤维素组成的细胞壁，称为壳。光合色素为叶绿素a和叶绿素c、β-胡萝卜素，叶黄素类为硅甲藻素、甲藻黄素、新叶黄素及甲藻所特有的多甲藻素。全世界约有130属，1000多种。多数为海产种类，少数产于淡水及半咸水水体中。中国常见的淡水种类有4属15种。
本门大部分种类可作鱼类及水生动物的饵料。浮游种类中，特别是海产的，是水生生物食物链中的原初生产者之一；有些种类如多甲藻目中的膝沟藻在过量繁殖时形成赤潮，使水呈红色、淡红褐色并发出腥臭味，使水的溶氧量降低，并且分泌毒素——石房蛤毒素及其衍生物，能使其他水生生物死亡，对水产造成危害。
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