氯气溶于水后起下列反应：Cl2+H2O=HCl+HClO
反应生成次氯酸，次氯酸体积小，不荷电，易穿过细胞壁；同时它又是一种强氧化剂，能损害细胞膜，使蛋白质、RNA和DNA等物质释出，并影响多种酶系统(主要是磷酸葡萄糖脱氢酶的巯基被氧化破坏)，从而使细菌死亡。
酒精具有消菌杀毒作用，其原理是使细菌的蛋白质凝固。95%的酒精凝固蛋白质的能力过强，使细菌外壁迅速凝固，反而形成一层保护膜，酒精无法深入内部彻底杀死细菌，细菌会在适宜的时间再次复活；而75%的酒精一般不会使细菌外壁蛋白质过快凝固，可使酒精进入细菌内部，彻底杀死细菌。因此75%的酒精杀菌消毒能力较强。
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