春萝卜9646的主要病害是软腐病和黑腐病，连作农田和高温高湿环境容易发生。生产上要实行轮作，及时做好通风换气工作，降低农田湿度。药物防治可选用农用链霉素100～200毫克/升的稀释液喷雾；或用70%敌克松800倍稀释液或退菌特500～800倍稀释液灌根。
常见的虫害有蚜虫、黄条跳甲、菜青虫、小猿叶虫等，可选用1%杀虫素3000倍稀释液或48%乐斯本1000倍稀释液喷雾防治。
