反式作用因子的分类

同一类序列特异性的反式作用因子由多基因家族所编码, 它们具有特定的蛋白质结构(如上述的锌指结构、碱性亮氨酸拉链、螺旋-环-螺旋基元等)和蛋白质结构上的同源性, 因而构成反式作用因子家族, 如类固醇激素受体家族、AP1家族等。
主要包括：
1.DNA结合域：
a.螺旋-转角-螺旋
b.锌指结构
c.亮氨酸拉链
d.螺旋-突环-螺旋
2.转录激活域：与其他转录因子相互作用的结构成分。 常见的转录激活结构域有富含谷氨酰胺结构域，富含脯氨酸结构域及酸性α螺旋结构域
随着表观遗传学的发展，研究发现除了蛋白，DNA、RNA也有调控功能，所以现在也称反式调控元件，主要有miRNA，转录因子等

①通用转录因子。普遍存在的转录因子，具有识别启动子原件功能的基本转录因子。 元件名称 共有序列 结合的蛋白因子名称 分子量 结合DNA长度 TATA box TATAAAA TBP 30,000 ~ 10bp GC box GGGCGG SP-1 105,000 ~ 20bp CAAT box GGCCAATCT CTF/NF1 60,000 ~ 22bp ②组织特异性转录因子：与基因表达的组织特异性有很大关系，能识别增强子或沉默子的转录调节因子。
③诱导性反式作用因子：活性能被特异的诱导因子所诱导， 不需要通过DNA-蛋白质相互作用就参与转录调控的共调解因子。