溶酶体的形成是一个相当复杂的过程。一般认为，溶酶体里的酶是经粗面内质网上的核糖体合成后运输到高尔基体，在此经过加工、分拣与浓缩，被覆外膜，形成囊泡，然后离开高尔基复合体，此时只含水酶而不含被催化的底物，称为初级溶酶体。初级溶酶体与细胞内的胞内体、吞噬体和自噬体融合形成复合物，溶蹢体中的酸性水解酶发挥作用，将胞内体和吞噬体逐步消化，此时的溶酶体不仅含有水解酶，而且含有大量被催化的底物，是一种正在进行消化作用的溶酶体，被称为次级溶酶体。次级溶酶体内的消化作用完成后，酶的活力变得很弱甚至丧失，仅留有末消化的残渣，称为残余体
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