楼主说的极是。三字经确实有诸多版本，尽管每个版本都大同小异，但仍有些地方不太一样。你举出的这是其中一例。
其中这种情况在古代诗文中，是比较常见的。苏轼，李白，杜甫等人的诗词，也存在很多不同的版本，尽管大体相同，但也不乏个别字句有出入的。
我个人的意见是：与高齐，更为合理一些。因为此句的意思是：北朝则指的是元魏。元魏后来也分裂成东魏和西魏，西魏被宇文觉篡了位，建立了北周；东魏被高洋篡了位，建立了北齐。
若作兴，那么兴字就讲不通了。因为宇文周和兴高齐或与高齐之间是并列的关系，如果改成了兴，意思讲不通。
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