黄泉方舟的开发。兰丸去掉了2代中大受好评的影分身之术，取而代之的是龙剑的可强化（真龙剑？）。3代依然保持着关卡的高难度，在剧情上，出乎意料的使用“龙杀死了艾琳”作为开场。 真正的龙当然不会开心的，他借助前CIA特工克兰斯的帮助下，一路追逐着自己的“复制版”到了福斯特——1代中就想要杀害龙的CIA总长的面前，并准备向福斯特好好讨还一笔帐。艾琳假装死亡，并探知到福斯特通过某种方式从另一个维度获得了超自然的力量并制造了一支生化打造的军队，其中最强的是龙的克隆，“假龙”成为了玩家面前最难缠的敌人。度过了一重重的难关，例如某个不停喷吐岩浆的关卡，最终克兰斯被判了所有人，他取得了黄泉方舟的控制权试图大枣新世界，当然，龙干掉了他。 忍龙3成为了当时这个系列的终结：龙和艾琳逃出了濒临崩坏的城堡，然后两人一起欣赏日出。后来这三款游戏都被移植到SNES和Atari Lynx上，还有一款名叫Ninja Gaiden Shadow的作品在GB上，历史上任天堂对这个系列的参与到此为止。（直到08年的忍龙DS）
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