A、生物多样性是生物与生物，生物与环境相互影响，共同进化的结果，A正确；
B、生物多样性包括物种多样性、基因多样性和生态系统多样性，B正确；
C、自然生态系统的破坏，往往与人类的过度开发利用有关，保护生物多样性，关键是协调好人与生态环境的关系，C正确；
D、保护生物多样性并不是禁止开发和利用生物资源，而是合理开发利用生物资源，D错误．
故选：D．
A、生物多样性的产生是生物与生物、无机环境共同进化的结果，A错误；
B、生物多样性的降低导致生态系统的稳定性下降，是生态系统功能退化的重要原因，B正确；
C、生物多样性的间接价值显著大于它直接的价值，C正确；
D、就地保护是保护生物多样性最有效的措施，D正确．
故选：A．
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