A、叶绿体中色素的分离实验结果显示：色素含量最少的是呈黄色的叶黄素，A错误；B、斐林试剂使用时要先把甲液（0.1g/mL的NaOH溶液）和乙液（0.05g/mL的CuSO4溶液）混合均匀，B正确；C、检测CO2产生的多少可以使用溴麝香草酚蓝水溶液，看由绿变蓝再变黄的时间长短，C错误；D、纸层析法分离叶绿体中色素的原理是不同色素分子因溶解度不同，而随层析液在滤纸条上的扩散速度不同，D错误．故选：B．
