三证合一的纳税人变更了税号，旧税号时取得的专用发票可以继续认证抵扣，包括扫描认证和在发票确认平台勾选认证；如果认证以后申报时一窗式比对不符，需要到大厅人工比对，手工清卡。也有的地区税务机关要求先把旧税号时取得的专用发票认证完了再去做变更，具体情况按主管税务局的要求执行。
