原因如下：
1、第一个循环扩增出来的新片段很长很长。
2、第二个循环以新的长片段为模板进行，但新片段的一端是引物开头的，所以第二个循环得到的片段就是我们需要的长度，但只是一条链，所以还不能分离出目的基因。
3、第三个循环，当以第二个循环得到的新片段为模板时，因为这个片段的长度就是需要扩增的长度，当第三个循环完成时，这个片段是需要的长度，且是双链DNA,这就得到了需要的目的基因了。
扩展资料：
PCR的每个循环过程包括高温变性、低温退火、中温延伸三个不同的事件：
1、变性：加热使模板DNA在高温下（94℃左右）双链间的氢键断裂而形成两条单链。
2、退火：使溶液温度降至50~60℃，模板DNA与引物按碱基配对原则互补结合。
3、延伸：溶液反应温度升至72℃，耐热DNA聚合酶以单链DNA为模板，在引物的引导下，利用反应混合物中的4种脱氧核苷三磷酸（dNTP），按5'一3’方向复制出互补DNA。
参考资料来源：百度百科-PCR技术
因为在前两个循环内产生的DNA链中都会有除目的基因外的多余部分，只有到了第三次循环才会得到只有目的基因的DNA链。
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