在自家老房子地基上修建的房屋，怎么办理房产证？

在自家老房子基地修建房屋之前，首先要打报告到相关部门审批。在审批通过后，方可修建房屋。然后把所有审批的文件拿到办理房产证的地方可按的文件办理房产证。

需要去当地的土地和房产主管部门重新申请，获得审批以后开始建房。建完房以后，拿着个人的有效证件和有关许可证，去主管部门申请办理房产手续。

第一：二，三楼可以单独办理房产证，分两种情况。
1，之前房产证和土地证是分开的，需要提供房产证和土地证（房产占用的所有土地都需提供土地证）然后去住建部门办理。
2，房产证和土地证合一，开发商办理房产证的时候，土地证和房产证已经合为不动产证，那样拿着不动产证去住建部办理即可。
第二：如果是单独的房产证，（每层/每户一个房产证）,那么他卖房子不需要你家房产证。
第三：实在不懂，委托第三方交易机构去办理，会比较有保障。

如果是自家的房基地，有批示的话，可以拿着建房批示，和身份证，户口本去房产交易大厅办理房产证。

根据你这个实际情况，原有的土地使用权证非常重要。
原有房屋结构为:底楼商铺，二楼住房。这种在当时应该能够办到房屋产权证的。当然现在已经拆了重修了。
变成了1－3层，要注意的是这三层最好是单独办产权证和土地使用证，土地使用权证也应该分离成7层，否则今后2－7层就没有土地使用证。2－3楼卖与他人，由于产权证没办下来，必须在买卖合同中载明。
随着产权制度改革，会有办法办到相关权属证明的。