简单的说，转录因子是一大类的蛋白质，可以结合到DNA上。结合的区域可以是基因的启动子，增强子，或者其他的调控区域。结合后要么是RNA聚合酶的结合增强，导致该基因的表达增多。要么妨碍RNA聚合酶的结合，阻碍该基因的表达。
这些DNA结合蛋白一般都有2个功能区，一个管DNA结合， 一个管和其他蛋白质的相互作用。这个鞋蛋白质就是转录因子。而他们各自所控制的基因就是靶基因。
转录因子被激活后通过识别特异的核苷酸序列，并与之结合，来启动和调控其靶基因的表达。下游的靶基因就是指这个被转录因子调控的基因，因为
”配体——受体——蛋白激酶——转录因子——靶基因“这样一个通路中，靶基因位于下游位置。
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