细菌是原核生物，真菌是真核生物所以：细菌没有细胞核（有拟核），没有染色体，没有线粒体等复杂的细胞器（只有核糖体）；真菌有细胞核（以核膜为界限的成形细胞核），有染色体，有各种复杂的细胞器。相同点：都有DNA（和RNA），都有核糖体，都有细胞膜、细胞质。
