∵正比例函数y=kx(k≠0)的图象经过点(-1,2),∴2=-k,即k=-2,∴该正比例函数的解析式是y=-2x.又∵点A(x1,y1),B(x2,y2)也在该正比例函数图象上,∴y1=-2x1,①y2=-2x2,②由①-②,得y1-y2=-2(x1-x2)=-2×3=-6.故选D.