北京市第三十九中学现有24个教学班，其中初中班12个，高中班12个，（外国学生班2个），全校在校学生近千人。在职教职工130人。从87年开始实行校长负责制。学校设校务办公室、学生工作处、教学工作处、总务处和外国学生部等行政职能部门，由校长统一领导，统一指挥，分级管理。学校实行年级组与教研组并设制，分工合作共同完成教育教学任务。学校教代会依照有关法规参加学校的民主管理和民主监督。
