本公司是在国泰证券与君安证券合并基础上组建的综合性证券公司，经证监会1999年8月15日证监机构字【1999】77号文《关于同意国泰君安证券股份有限公司开业的批复》批准，本公司于1999年8月18日在上海市工商行政管理局登记注册成立，注册资本金为人民币372,718万元。
2001年8月13日，中国证监会以证监机构字【2001】147号文《关于国泰君安证券股份有限公司分立的批复》批准本公司分立。本公司于2001年12月31日完成变更登记，分立后本公司注册资本变更为370,000万元。
2005年2月25日中国证券业协会颁布从事相关创新活动证券公司评审公告（第3号），2005年2月6日，经中国证券业协会从事相关创新活动证券公司评审委员第三次会议评审通过，本公司成为从事相关创新活动的试点证券公司。
本公司于2005年12月30日取得中国证券监督管理委员会证监机构字[2005]180号“关于同意国泰君安证券股份有限公司增资扩股的批复”，同意中央汇金投资有限责任公司以现金10亿人民币认购本公司新增10亿股股份；增资后，公司注册资本变更为470,000万元。
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