楼主的意思没有看清楚。楼主是在国外还是在国内？
如果在国外：签证过期不会影响任何事情，因为你已经用那个签证到达了你想要去工作/生活/学习的地方， 签证的作用已经实现。但是没有护照不行，需要到当地中国使领馆去申请补发护照，该回国的时候用新补发护照入关就可以了。
如果在国内：过期的签证本身已没意义，只需要去公安局申请新护照就可以了。
黑名单肯定是不会上的，罚款要看情况了。
如果你们及时把护照补办好，然后用使馆出具的证明延长签证的话，就没有任何问题。
情况比较特殊，只要跟使馆解释清楚，一般问题不大的，中国人一般不会卡外国人的，甭担心。
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