带着所有的房屋手续到你房屋所在区域的房产局，如果不是区性质的房产证，那么就去市房产局办理相关手续。
这个嘛，就不知道你当时为什么会是只有一个房产证的！不知道是不是开发商建的时候报批的结构是不是就这样的，设计的问题有很多的，本来就是这样结构的，基本就不可能分割开了！
这是你们私人之间的交易吧，你的问题问的还不是很详细，不过能确定的是不能分开，
为什么会出现这样只一份房产证的，而有两套房子，开发商多盖的
希望对你有所帮助。。。
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