应该不算。你们这种属于购入商品再加工，且加工完成品是用自己商标，就相当于贵司买进了半成品，再进行进一步加工达到贵司要求标准，成为贵司产品。与商标侵权无关。
“未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的。”中有写明“更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的”这与你司现在的情况有区别，不过为了以后有问题产生，贵司必须做好举证准备，即可以证明贵司取得商品后，有进行在加工的证据（可以有样品对比）。
商标侵权主要是指使用与对方近似商标销售的行为，并给商标持有人造成经济或者声誉上的损失。
你的行为看不出违反上述条款，但你没有说明“自己的商标”与别人的商标有何区别。
如果要想更合法些，建议你先签订委托加工合同，在进行后续加工，并贴上自己的合法商标进行销售。如果仅是将别人的产品换个商标或者包装，而进行售卖，将构成侵权责任[仿冒产品、外观专利等]，而且一旦因质量产生售后服务，将得不到法律保护。
这个满大街现在都是贴牌生产的
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