我在某公司因与客户发生肢体冲突离职，后来该客户到公司索赔

公司的做法是不对的。

首先，你与公司客户发生肢体冲突，如存在人身伤害则属于你与该客户之间的关系，公司不能私下代表你与客户签订和解、赔偿协议；
其次，公司怕矛盾扩大私下与客户签订协议，属于公司经营策略方面的问题，系公司主动所为，未经你同意，协议不约束你；
再次，公司自愿作出补偿，没有理由克扣工资；
又次，若你与客户发生肢体冲突不违反劳动纪律，而你离职的，公司应按照劳动法规定履行劳动合同义务。

综上，公司与客户签订的协议未经你同意，是公司的单方行为。公司克扣你1000元公司没有依据，你有权主张返还。

关于怎样维护自己的权益：
你可以给你公司协调，明确你的立场，要求实际结算支付工资，若协调不成，可向劳动仲裁委提出仲裁，请求支付工资及违约金，如公司有其它违反劳动法的行为的，也可一并提请仲裁。

不合适，如果公司有这样的明文规定可另当别论，必要的时候可以通过法律途径来解决。祝顺！

如果你是因为工作与客户发生的冲突则不合法。如果合同有类似规定，看你有没有造成什么损失。可以找公司领导具体谈。

当然不合法，可去劳动仲裁协调解决，必要的话可取当地法院。如对方有伤害应由法院认定，单位无权处理，更不能没征得你的同意扣你的工资。

首先，你先确认公司是否有员工守则或规范，如果有且有明确的公司内部奖惩制度，当你导致客户伤害属于违反公司前述守则或规范时公司则可以依据该规定对你进行处罚，一般从法律角度上说，你的行为导致的后果如果遇到索赔时一般应当是公司先为赔偿然后依据守则或规范对你进行追偿，并且如果你的行为属于自力救济、正当防卫、未违反守则或规范或者、守则或规则的条款属于加重对方责任排除公司义务这种霸王条款时，你可以依法向公司要求返还扣划的工资，如未果则可以采取法律的手段解决（但这种办法可能会导致或加速你离开该公司）。