A、肺炎双球菌转化实验没有应用同位素标记法，噬菌体侵染细菌实验应用了同位素标记法，A错误；B、实验的设计思路是想办法区分DNA和蛋白质，并单独观察它们各自的作用，从而探究生物的遗传物质，B正确；C、都设置了对照，C错误；D、原理都是根据遗传物质具有复制和传递信息的特性设计的，D错误．故选：B．
