A、基因突变具有随机性，可发生在生物个体发育的任何时期，主要发生在DNA复制过程，A错误；B、有丝分裂和减数分裂过程都能发生染色体变异，B错误；C、基因自由组合定律的实质是等位基因彼此分离的同时非同源染色体上的非等位基因自由组合，只适用于核基因，C正确；D、由染色体异常引起的遗传病叫染色体病，基因并不一定异常，D错误．故选：C．
