内含子的作用是调节基因的表达，其实现在研究的也不是太清楚，研究内含子的作用是后基因组计划的主要方面。还有就是有些嵌套基因，重叠基因等内含子不总是内含子，它在一个基因中是内含子，在另一个基因中可能就是外显子了。
关于基因转录方面有调节作用，对产物有影响
1，调节基因转录的速率，影响基因转录产物的长短。
2，为结合蛋白提供结合位点，影响基因结构功能。
3，镶嵌基因，作为其他基因部分结构，具有多重功能。
4，内含子上具有许多变异位点，形成基因多态性。
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