你自家哪里来的土地！所谓自家地，都是承包地，也就是说，你们家向国家或集体承包经营了该土地。现在问题是你家在没有经过土地所有人（国家或集体）的同意，就改变土地用途建设了养殖场，被告知拆除恢复土地原貌就很自然发生了。
就象你们向某人出租了一间房，用途是自己居住。可租户把这间房子开窗破洞搞成了加工厂，你会不过问吗？
两个解决办法。一个是拆除，恢复土地原貌；一个是补办手续（土地是集体所有的情况下可行性比较大）。
补充下：你说养殖场证件齐全，是否包括了土地利用许可证？相信是没有包括。
农业临时用地政策很宽，只要是真实农业用途，只要是不与其它重要规划冲突，一般都给予支持。你有证件，说明你得到了支持，所以不存在乱占，只能是土地另有规划，但如果是乱占，需你交罚款给政府，如果是另有规划，需政府向你补偿。道理就这些，你的情况你清楚。反正政府有时不是好鸟。
建议你找律师问问，
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