①硝化细菌属于原核生物，霉菌和水绵都属于真核生物，原核细胞和真核细胞都含有核糖体、DNA、RNA，①正确；
②能进行光合作用的细胞不一定含有叶绿体，如蓝藻；含线粒体的细胞也不是每时每刻都在进行有氧呼吸，如在缺氧环境中会进行无氧呼吸，②错误；
③人的个体发育过程中，细胞分化的高峰期在胚胎期（原肠胚），③错误；
④细胞分化的实质是基因的选择性表达，即各种细胞所含的mRNA不同，进而导致细胞的形态和功能各不相同，④正确．
故选：C．
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