A、线粒体是有氧呼吸场所，线粒体膜和线粒体基质中均含有大量与有氧呼吸有关的酶，叶绿体是光合作用场所，类囊体薄膜和叶绿体基质含有与光合作用相关的酶，A正确；
B、叶绿体中含有与光合作用相关的色素，主要是叶绿素吸收光能，最终将光能转化成化学能，而线粒体中有色素但与能量转换无关，B错误；
C、叶绿体和线粒体均为双层膜结构其骨架为磷脂双分子层，且含有大量蛋白质，C正确；
D、叶绿体和线粒体为半自主性细胞器，均含有DNA，也可进行复制，D正确．
故选：B
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