崇基学院之成立，其主因是并合内地十三间基督教大学而成的。鉴于1950年代初期香港社会对中文高等教育之需要，崇基学院于1951年由香港基督教教会代表所创办，并于1955年依照香港政府法例注册成立。
崇基学院创办之初，仅有学生63人，借用圣约翰座堂及圣保罗男女中学上课。其后乃租赁坚道房舍及下亚厘毕道之圣公会霍约瑟纪念堂为校址。此项发展乃得美国之“亚洲区基督教高等教育联合董事会”、纽约之“岭南大学基金委员会”与英国伦敦之“亚洲基督教大学协会”之经济资助，而告达成者，香港各界人士及教会之经济支援，亦有增无已。
蒙香港政府在新界马料水拨赠土地一段，面积共计10英亩，并于其增建火车站（现名为大学站），崇基学院于1956年迁至环境优美之新界马料水村永久校址。学院更购买邻近土地，以为建筑运动场及新增校舍之用。目前学院之土地面积连同官地在内，共计55英亩，而马料水村村民已徙置于新界之另一新地点。
1957年，新亚书院、崇基学院、联合书院组成中文专上学生协会，推动成立一所“中文大学”。1963年，香港中文大学成立，崇基遂成为三成员学院之一。
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