分选细胞的活性主要取决于分选前细胞的状态、活性以及消化、染色、洗涤、离心等操作过程对细胞的影响，其中染色对活性的影响较大。
抗体与作为受体的细胞表面的抗原分子结合可能导致该受体的功能变化。
另外，在进行多染色是，由于不同抗体分子和荧光染料的特性不同，以及相应抗原分子在细胞表面的分布不同，其染色顺序可能影响到细胞的活性，因此要综合考虑抗体、染料和染色顺序。
很多细胞分选后继续培养的实例，如淋巴细胞或组织特异性干细胞的分选等等。
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