A、该四倍体西瓜能产生种子，A错误；B、果皮是由子房壁发育来的，其细胞中的染色体与母本细胞中的染色体相同，所以四倍体植株所结的西瓜基因型为杂合子Aa，B正确；C、该四倍体西瓜与二倍体西瓜杂交，能产生三倍体植株，但三倍体植株不可育，C错误；D、这种变异是染色体变异，属于可遗传的变异，能用显微镜观察到，D错误．故选：B．
