原则上，你公司挂靠A公司做工程，按会计规则，工程款应支付至A公司账户，再由你公司根据和A公司的约定处理工程款的问题。如果付款方和A公司同意将款支付至你公司，可以由A公司出具一个指定你公司账户为接收工程款的账户的函给付款方，但是否会产生会计问题暂未可知。挂靠施工不同于违法分包、转包施工，后者的实际施工人反而可以依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条之规定直接主张工程款。可以参照最高人民法院（2017）最高法民申3613号民事裁定。
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