区别如下：
自诉：刑事案件中被害人或其法定代理人、近亲属为追究被告人的刑事责任而向法院直接提起的刑事诉讼，公诉的对称。这类案件属于告诉乃论的和其他不需要进行侦查的轻微刑事案件。前者指侮辱罪、诽谤罪、暴力干涉他人婚姻自由罪、虐待家庭成员罪等，后者指轻伤害罪、拒不执行法院判决或裁定罪、重婚罪、拒绝抚养罪等。
公诉：公诉案件是指由国家公诉机关、人民检察院代表国家行使控告权，指控被告人犯罪，向人民法院提起公诉，要求对被告人定罪科刑的案件，这类案件在刑事案件中是主要的。
供参考。
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