①H2O→[H]+O2发生在类囊体薄膜上，属于光反应中的物质变化，①错误；②光合作用的暗反应发生在叶绿体基质中，此过程中需要消耗光反应产生的ATP，因此“ATP→ADP+Pi+能量”发生在叶绿体基质中，②正确；③C3→（CH2O）+C5的反应发生在叶绿体基质，即为暗反应中三碳化合物的还原，③正确；④CO2+C5→C3的反应发生在叶绿体基质，即为暗反应中二氧化碳的固定，④正确．故选：B．
