A、一氧化碳和二氧化碳的化学性质不同，是因为它们分子的构成不同，不同种的分子性质不同，故选项解释正确．
B、稀有气体可做保护气，因为原子最外层电子层达到稳定结构，故选项说法正确．
C、水通电生成氢气和氧气，是因为水分子分裂成了氢原子和氧原子，然后氢原子、氧原子分别重新组合形成氢分子、氧分子，该事实说明分子是可以再分的；分子是由原子构成的，水分子中不含氢分子和氧分子，故选项解释错误．
D、金刚石和石墨的物理性质不同，是因为碳原子排列方式不同，故选项解释正确．
故选：C．
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