银行卡莫名其妙少钱，这种情况能否立案？

当然会立案，应以盗窃罪立案调查。
这样的案件现在很多！很多都是自己的卡一直在自己身上或者家里，可是里面的钱却少了，估计经常会从跟你密切的朋友开始调查，再就是银行里有你的支款记录，如果日期没有超过半年的话应该有当时的录像。你只需要催促公安快点办理就行了！

会立案的。已经涉及信用卡诈骗罪。对方用你的银行卡刷卡买东西，涉及刑事犯罪了，公安肯定要立案调查的。耐心等待公安办理进展吧。可随时向他们咨询进展的。

立案的话是肯定会的。不过我觉得不需要这么麻烦。
前天在人民网上看到一篇报道，一个人去银行取钱的时候发现钱少了，跟你的情况一模一样：1，银行卡在自己身上；2，莫名其妙少钱；3，银行表示没责任。后来警方的处理方法是让银行先给他补偿，理由是：银行不能以ATM机无法识别真假银行卡为理由免除自己的责任。（真实报道）
所以，如果可以的话你可以要求银行先把钱给你，警方立案追到的钱再给银行就好了。我去找找那片报道，发给你（http://news.sina.com.cn/o/2010-01-28/035517004522s.shtml）

500块钱以上，采用秘密手段窃取公私财物，即可立案侦查。
如果公安机关不立案：
1、要求公安说明不立案理由，并给予书面材料。
2、可以向检察院提出申请。
《刑事诉讼法》规定：“人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。”
另据规定，公安机关在收到检察院通知书后七日内应当将说明情况书面答复检察院。

当然可以立案了，哪里发生事情哪里的公安局就有管辖权。