细胞复苏后，第二天，培养基就浑浊了，镜下可以看到树枝样的东西，是真菌感染吗？

第二天就浑浊了，说明污染得很厉害啊。一般是真菌或者细菌，因为这两个繁殖比较快。其中细菌繁殖速度比真菌还要快。黑胶虫、支原体之类的出现都是培养比较长时间才出现的。至于是真菌还是细菌，肉眼看看有没长毛什么的。长毛了，一般就是真菌。你说显微镜下树枝状，那好像不太能判断出是真菌还是细菌。个人感觉细菌可能性较大。
复苏三批都这样的话很可能是分装冻存前就出问题了或者使用的培养基灭菌没灭好，不太可能是无菌操作不过关的吧。
污染了的细胞先不要倒掉。分成2份，一份就这么放着，看看之后会不会长毛之类的，好根据菌落形状判断是什么污染。另一份加点广谱抗生素看看能否有效（主要看菌的抑制有没效果，细胞的话不太可能挽回了）。如果有效，那么另外复苏一批，在复苏后使用的培养基中加抗生素。如果没效，那可能就是真菌污染了，比较棘手的情况。可以用两性霉素B试试。但污染严重的话，大多数情况是需要重新复苏一批或者买细胞了。

看看你三批都是用了那些相同的东西，先从那里找原因。
最常见的就是培养液了，还有冷冻液。全部换新的。不过如果冻的时候就污染了，那就没有办法了。可以在培养液中加一些真菌抑制剂。
还有就是你用的培养箱里面有真菌污染，最好做一次消毒。

应该是真菌。
如果你复苏了三批不同时间冻存的都长菌应该是你的问题了，或是整个操作环境受到了严重污染。
我觉得你现在首要问题不是接着养细胞而是清理超净台和培养箱，用75%的酒精好好擦一遍接着用紫外照吧。
我觉得养细胞最重要的就是环境要干净，我一个学长实验时也很粗心的每次出去取完东西也不喷酒精就操作，但我们经常消毒也没见他染菌。
至于真菌的抗生素最好的可能就是大扶康了，你可以买些试试。

染菌了吧，管别人再要一瓶吧