如果出境证明上没有指定口岸的话，那从上海也可以出境的。
回答补充：
你那个护照是黑皮的对吧？实际上现在叫公务普通护照（小公务护照），因为现在已经取消了因公护照，以前的普通因公护照现在归类为公务护照，但和真正的公务护照（绿皮的，大公务护照）还是有区别的。小公务护照的签发机关写的是外交部，实际上是由各地外办签发，你的护照实际上是公司所在地的外办签发的。持小公务护照，前往免签国家，只要有出境证明，而且出境证明上没指定口岸的话，从任何口岸都是可以出境的。
你要去哪个国家呀？上海可以出境的
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